Со времен событий предыдущей части — "Падение Гипериона" — прошло почти три столетия. Великой Сети и человеческой Гегемонии уже не существует, но на их осколках возродилась Церковь, которая распространяет свое влияние с помощью особых паразитов-крестоморфов.
Единственная угроза для всемогущей Церкви — молодая девушка Энея. Она является избранной, "Той-Которая-Знает". Только ей под силу спасти человечество согласно древнему пророчеству. В этом ей помогут друзья — ее опекун Мартин Силен, бывший солдат Рауль Эндимион и андроид Беттик.
Между тем, Церковь, убежденная, что Энея — "вирус на теле Христовом" посылает своих агентов на ее поиски.